霧幻天神流的忍者「霞」，代替遭到被一族逐出的狂人「雷道」襲擊而
生命垂危的哥哥「疾風」，繼承第十八代首領。
但是，在她的心中卻只惦記著那溫柔且強勁的哥哥的傷勢，
以及對奪走村子奧義的仇敵－雷道的復仇火焰。

成為「叛逃忍者」的代價是瞭解自己的命運，並逃離到無人知曉的地方，
沿途追逐著敵人的影子，來到了格鬥大會「DEAD OR ALIVE」。

在受命追殺叛逃忍者的霞之同母異父妹妹「綾音」的嚴密監視下，
霞終於打倒了雷道。但，就在激戰之後，被捲入「危險地帶」的大爆炸中，
雷道的肉體被炸的四分五裂，霞的身影也完全消失不見......。

大會之後，公佈了主辦人「Fame Douglas」被暗殺的消息，
帶著未解的重重迷團，第１次大會也隨之落幕了。

第１次「DEAD OR ALIVE」之後，身影消失的霞被「DOATEC」帶走。
成為稱作「α計画」的人體實驗之樣本......
在逃走的過程中，與和自己一模一樣的複製人「α」對峙。
她面帶著無所畏懼的表情說著「疾風，是我的」。

於此之際，發表了第２次大會開幕的消息。

疾風的好朋友－龍之忍者「龍・隼」，
很快地掌握了這股超越人類智商的邪惡力量。

「這並非是格鬥大會」
在之後被稱作「世紀末天狗禍」的戰鬥中，他再次開始行動。

另一方面，應該臥床養傷的疾風消失了。
因被當作與「Alpha計畫」並列的「Epsilon計畫」的實驗台而遭DOATEC綁走。
然而，被驗體輸送機發生事故，疾風趁著這個偶然的機會逃離組織的掌控。

喪失記憶的疾風，受到在附近修行的空手道家「瞳」的保護。
並且於傷癒後，受到引導而參加了「DEAD OR ALIVE」。
以「艾因」之名參戰......

疾風找回了失去的記憶，正要就任霧幻天神流第十八代首領之時，
霧幻天神流的闇，「霸神門」有了異變。
霸神門忍者的首領，同時也是綾音養父的「幻羅」，
成為DOATEC自「Alpha」，「Epsilon」之後的超人計畫「Omega」的被實驗體，
變成了怪物。

很快地，發表了「DEAD OR ALIVE」第３次開幕宣言，
但這不過是，在DOATEC中握有影子實權的瘋狂科學家「多諾萬」的「Omega計畫」之實驗場罷了。

既是養父，又是師父的幻羅變成了殺戮的魔人。
踏上旅途，接下討伐被除名的父親之任務。
綾音決意要盡最後的「孝道」。

因「DOATEC」的人體實驗而不斷上演的悲劇。
忍者們的怒氣已達到最高點。

為了貫徹父親的理想和理念，繼承DOATEC首腦之位的海蓮娜，
發表了「DEAD OR ALIVE」第４次開幕宣言。

以象徵巨大企業的３座９９９公尺之「試煉之塔」為舞台，
「一定要擊滅DOATEC」的霧幻天神流首領，疾風的宣言中，燃起了復仇之火。

忍者的怒氣轉為火焰，將試煉之塔包圍，
在不斷進行的人體實驗的中，究極的戰鬥生命體「Alpha-152」誕生了。。

父親Fame Douglas的理想和理念，
在背叛者多諾萬和多諾萬的怨念之中分崩離析。

自己的理想，研究出究極的戰鬥生命體的現在，
海蓮娜親手將一切燃燒殆盡，一個人留在塔裡，試煉之塔隨之崩壞。

「再見」

自己被火焰包圍著，試煉之塔正要崩壞之際，
海蓮娜的身體被前來的札克抱住並帶離此地，
在茫然無神的視線中，象徵著DOATEC的試煉之塔正在崩壞倒塌。

作為DOATEC的象徵，試煉之塔倒塌2年後
總帥海蓮娜 · 道格拉斯繼承了身為創建者的父親，菲姆 · 道格拉斯的遺志，
全身心致力於組織的再生中。

將瘋狂科學家，維克多 · 多拉萬所主持的
生化兵器開發專案整個完全凍結和解體。
也終於達成了組織的淨化……表面看起來是這樣的。

但是，多拉萬並沒有死亡而且還在暗中繼續進展其計劃。

――完全繼承了M.I.S.T.　DOATEC所持有的高端生化科技的新組織　

以夢幻天神流女忍 · 霞作為標本的α計劃，也因為這個新組織的關係
繼續進化到下一個令人恐懼的階段中。

巧合的是，海蓮娜發出將要舉辦第5次「DEAD OR ALIVE」大會的宣告，
原本是打算把新生DOATEC重新展現於世界的光輝理想，
結果卻正在朝變質為對於人類來說宛如噩夢開幕般的事態發展……。