生活在菲里翁的戴爾塔及凱斯受託尋找妮伊的蹤跡。於隔牆外圍，兩人見到的光景是襲擊人們的機械兵器及當場爽快現身的妮伊。
戴爾塔一行人受天統姬之命，前往克翁達烏搜尋失蹤的莎麗身影。在克翁達烏看到正在對民眾進行演講的吉魯。
救出被囚禁的莎麗，返回菲里翁途中，由戴爾塔及凱斯蒂的意念，無意識誕生出人形傑諾姆「普麗姆」。普麗姆稱戴爾塔們為爸爸及媽媽。
返回菲里翁稍做歇息，不久，便發生機械兵器襲擊事件。
雖成功擊退，莎麗認為是自己被奪去的榭倫．保護器所引起的，因此再次動身前往克翁達烏。
於克翁達烏取回保護器後，意圖返回的一行人被吉魯發現蹤跡，受到囚禁。後來雖成功脫身，但從吉魯處聽見了恐怖的驚人計畫。
追著吉魯的戴爾塔一行人，計畫卻已發動。
企圖阻止這次計畫，卻被多數夏爾所包圍，陷入絕體絕命的空前大危機。
以依恩製作的機器人身分覺醒的安傑斯。
她好像有著非做不可的事情，要求安傑斯幫忙。
欲步出外面世界的依恩與妮莉庫對峙。
這時依恩得知自己是為了產出夏爾，而故意令她陷入沉睡狀態。
醒來的依恩對眼前的妮諾說「我是為了阻止妳而醒來」。 依恩急欲阻止妮諾的計畫，但妮諾又想再讓她陷入沉睡狀態，藉機逃走成功。
與安傑斯會合，之後遇見夏爾的達特利亞。
此時依恩聽聞夏爾與人類戰鬥的殘酷現狀，認為這樣的現況絕對是錯誤的。
知道妮諾計畫的依恩欲阻止人類與夏爾雙方的戰爭，首先前往夏爾們居住的天領伽羅。
與卡諾再會的依恩，自卡諾處聽說為補償以往人類犯的過錯，正在進行「救濟」行動。提出質疑的依恩，此時吉魯現身，要求卡諾盡快落實救濟行動。
透過卡諾的振臂疾呼，開始了大規模的「救濟」行動。依恩一行人此時便前往人類居住區。
路上偶然發現吉魯及妮諾，也得知計畫的依恩。說統帥夏爾的卡諾也不過是她們計畫中的一顆棋子而已。