本作為再次感受動畫版『進擊的巨人』的深刻劇情而展開的故事。
在動畫版中活躍的角色都會出現，收錄眾多以各角色為主軸的劇情故事。

艾連10歲時的845年，有著超出城牆的巨大身軀的「超大型巨人」突然出現，擊破城壁。巨人們大舉入侵，也使得艾連的母親‧卡露拉，不幸被其中一個巨人吃了。而阻隔城牆內外世界的瑪利亞之牆，被稱為「鎧甲巨人」破壞而不得不放棄，人類的活動範圍也後退至羅塞之牆後。家人、家、夢想，全部都被巨人奪走的艾連，因而決意起身對巨人復仇，欲成為調查兵團一員，加入「第104期訓練兵團」。

入團3年後，突然「超大型巨人」再次來襲。艾連孤身抵擋，而巨人趁機脫逃。返回本部，率領整個班前往攻擊的艾連，卻落得班員遭捕食，連帶自身的一隻腳也被吃掉的悽慘下場。艾連此時很辛苦地救出受巨人捕食，茫然的阿爾敏，而自己隨後也不幸地代替阿爾敏慘遭巨人吞食。

在超大型巨人破壞托洛斯特區城牆前，成立的精銳調查團，朝調查牆外世界出發。
調查兵團的主要計畫為奪回5年前被攻陷的瑪利亞之牆。
在化為荒蕪廢墟的城鎮與村莊設置兵站據點，確保能對城壁已破爛不堪的希干希納區，派遣眾多部隊，確保進軍路線，為此次主要任務。
他們起身對抗城牆外的巨人們，在確保進軍路線的主任務外，也留下新發現與具體成果的優異功績。

透過駐紮兵團的奮戰與調查兵團的歸來，成功阻止巨人攻擊羅塞之牆的行動。
但牆壁內側陷入與失去瑪利亞之牆時相同的混亂情況。
再次襲擊人類的超大型巨人，以及曾被破壞過一次的城牆，居然會依靠「巨人之力」成功被封住，
這實在是個太令人難以置信的事實。
艾連到底是人類的敵人？還是朋友？
牆壁內，人群對艾連又愛又怕的各種言論盛行，而重新讓艾連加入的調查兵團，開始了第57回壁外調查行動。

從兵團中得知「羅塞之牆中有謎之奇行種出沒」的情報。
羅塞之牆內地有著牆壁的保護，應該不會有巨人出現才對…。
為了確認情報的真偽，兵士們決定出擊。