蘇菲的祖母是一名受到村民喜愛的鍊金術士。
蘇菲偶然發現祖母年輕時所穿的衣服，以此為契機，描繪蘇菲為更接近偉大的祖母而努力奮鬥的故事就此展開。
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為了感謝摩妮卡與科爾涅莉雅平日的照顧，蘇菲邀請她們參加茶會，並嘗試用祖母的配方製作點心。 -
蘇菲對作為錬金術士的自己與普拉芙妲和祖母之間的差距而感到煩惱。這時，因為祖母的某句話，她想到了一個打破常規的點子。
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蘇菲十分不擅長打掃，但為了讓從小一起長大的摩妮卡看到自己的成長之處，她決定自己整理調合結束後散亂的房間，沒想到… -
想讓對方看到自己成長之處的蘇菲與摩妮卡共同接受委託，踏上了消滅魔物的旅途！
此外還將收錄更多全新劇情！
- ◆服裝（6套）
- 人偶服裝：「水之套裝」、「淑女劍士」、「森林傳說」、
「維奧幻象」、「神聖夜晚」、「吉祥物」 - ◆BGM包（4種）
- 「鍊金工房系列精選BGM包」、「電玩通特典精選BGM包」、
「電擊PlayStation®特典精選BGM包」、「GUST特殊BGM包」 - ◆道具包（2種）
- 「蘇菲的鍊金工房 遊戲內可使用的道具・5件套組（收錄於原特典版中）」、
「有助益的道具・GUST官方特典精選」 - ◆事件（1種）
- 「後日談篇章」
- ◆地圖（1種）
- 追加採集地「隱密的書架」
- ◆追加功能（1種）
- 追加難度「DESPAIR」
追加能夠減少體力消耗、自動採集、高速移動等富有特色的4種全新交通工具。
探索道具隨著故事進行增加，探索將變得更加便利。追加任務討伐7隻新魔物。討伐7隻新魔物後還可以挑戰變得更強的帕邁拉。
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使用可成為燃料的道具，不僅可快速移動，還可以裝備材料箱內的道具。同時使用木桶飛機可降低LP消費量，並在移動中回復HP、MP。 -
莉亞妮開心於木桶飛機看起來乘坐舒適，然而菲莉絲卻說內部似乎有些缺陷……
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可協助菲莉絲探索，易於提升地圖的探索率。同時根據賦予的效果可以消除惡劣天候帶來的缺點，並增加採集籃的容量。 -
會發出「噗尼噗尼」聲音的無人機。莉亞妮盯著其可愛的外表，開始思考該餵它吃什麼……
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使用可成為燃料的道具，可快速移動，同時持續按住按鈕還可以進行自動採集。搭乘中不會遭受到敵人的攻擊，且可以採集更高品質的材料。
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菲莉絲得意地表示這是能一網打盡所有材料，令鍊金術士垂涎的交通工具。而莉亞妮開始擔心附近的材料是否會被採光殆盡……
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潛水船會快速消耗在水中所需的空氣糖豆，並在水中快速移動。同時還能降低LP消費量。 -
菲莉絲因做出便利的交通工具而有點得意洋洋，但莉亞妮指出這只能搭乘一人。菲莉絲提出的解決方案是……？
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帕邁拉的力量似乎因各地出現的魔物而遭到封印。菲莉絲代替沒有精神的帕邁拉，接下討伐魔物的任務。 -
報告討伐完成之後，帕邁拉會恢復為精神十足的樣子。帕邁拉興致勃勃表示，如果是比之前更強的菲莉絲他們，會想要使出全力一戰。
- ◆人物（2位）
- 「夏農」、「海因茲」
- ◆服裝（16套）
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- 菲莉絲追加服裝：
- 「無夜劍士」、「水藍學生服」、「度假悠閒」、「夢幻仙境」
- 輕裝系列：
- 菲莉絲「聖儀僧侶」、莉亞妮「英勇射手」、
伊爾梅莉亞「崇高魔法師」、多蘿瑟爾「決鬥戰士」、
蘇菲「至耀之賢」、夏農「巔峰騎士」
- 泳裝系列：
- 菲莉絲「天空色之蝶」、莉亞妮「黑夜瑪瑙」、
伊爾梅莉亞「紅白之戀」、多蘿瑟爾「新綠之葉」、
蘇菲「熱情之陽」、夏農「桃色蜜語」
- ◆BGM包（4種）
- 「鍊金工房系列精選BGM包」、「電玩通特典精選BGM包」、
「電擊PlayStation®特典精選BGM包」、「GUST歷代遊戲BGM包」 - ◆地圖（2種）
- 追加採集地「聖地維斯提亞」、「利傑特列聶」
追加『奈爾克與傳說之鍊金術士們』世界的繪畫。在繪畫世界裡展開協助領主「奈爾克」開發村莊的全新故事以及BOSS戰。
通過收集在繪畫世界中追加的寶箱中的「不可思議繪畫的碎片」，即可訪問「奈爾克的世界」。
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莉迪及蘇瑞從奈爾克那聽聞「格蘭茲瓦托之樹」的果實非常甜美，對於果實的慾望促使他們決定協助開發村莊…… -
雙胞胎幫助奈爾克調合道具後，得意洋洋地前往回報。
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「格蘭茲瓦托之樹」突然出現強大的魔物。 -
為了保護奈爾克珍視的村莊，莉迪及蘇瑞決定奮不顧身前往現場。
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奈爾克的世界裡的村莊「威斯忒巴爾特」。特色建築林立，洋溢著活潑熱鬧的氛圍。 -
以巨大噗尼為外觀的建築。莉迪及蘇瑞對其不可思議的外觀充滿興趣。
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心型外觀的派專賣店。兩人在陳列著各式各樣的派的櫥窗前，思索著要吃哪一個。 -
掛著品味獨特的繪畫的建築。莉迪不知為什麼在繪畫的前面露出自豪的神情…？
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村莊外的農場擺放著巨大的木桶。據說裡面裝滿果汁，提供給村莊的居民。 -
村莊的象徵「格蘭茲瓦托之樹」。在這世界中似乎是非常重要的存在。
- ◆人物（2位）
- 「露夏」、「伊爾梅莉亞」
- ◆服裝（7套）
- 莉迪＆蘇瑞「變裝成瑪莉&艾莉」、莉迪「Smart&Sweet」、
蘇瑞「Active☆Lovely」、蘇菲「最佳搭檔」、菲莉絲「老師的最愛」、
露夏「兔尾巴」、伊爾梅莉亞「柯爾梅莉亞？」 - ◆BGM包（5種）
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「鍊金工房系列精選BGM包」、「電擊PlayStation®特典 改編版戰鬥BGM」、
「BLUE REFLECTION BGM包」、
「GUST歷代遊戲BGM包」、「無夜國度2 BGM包」 - ◆道具包（5種）
- 「名品珍品道具包」、「特殊精選道具組」、「新天地大冒險組合第１波」、
「新天地大冒險組合第２波」、「特典版精選道具組」 - ◆地圖（1種）
- 「吊鐘杯平原」
- ◆其他DLC（5種）
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- 配方：
- 「祕傳調合研究筆記」、「探索者們的口傳集」
- 任務：
- 「經驗值加成任務」、「金錢加成任務」
- 戰鬥調和：
- 「戰鬥調合的精髓」
- ◆追加功能（8種）
- 「追加稀有道具商人」、「追加小型事件」、「追加再戰弗爾基歐爾」、
「蘇菲老師的測驗」、「追加道具特性」、「角色的戰鬥等級上限解鎖」、
「追加角色技能」、「帕邁拉、泰爾米娜的等級上限解鎖」
- 「拍照模式」為在原野上暫停遊戲拍攝照片的模式。玩家可以自由配置隊伍成員、配角甚至是敵人，也可以調整時間、天候及濾鏡，盡情拍出喜歡的照片。
- 「數位藝廊」可以使玩家欣賞各作品的插圖及BGM。
還收錄了為雜誌、日本店家特典而特別繪製的插圖等珍貴作品。 
追加可讓戰鬥速度最高提升至2倍的功能。
演出速度可以於戰鬥中自由變更，想要慢慢欣賞的時候選擇低速，想要迅速戰鬥的時候則設為高速，玩家可依照喜好自由調整。