少女們的故事
在日常與非日常生活展開的故事
本作的故事從日菜子初踏入校園當天開始。因受腳傷影響，無法出席入學典禮，日菜子在初次上學當天認識同中學出身的西田早苗。
登場的學生們，即使看來很平常，但其實內心都隱藏著巨大的問題。早苗的情況是對日菜子的憧憬過強，造成感情暴走……。
對暴走的早苗感到驚訝的日菜子，當回過神來，發現自己置身於未知的世界當中……。突然受到魔物襲擊的日菜子，受謎樣少女們的聲音所引導，不知何時起，變身為使用身上戒指的魔法少女“反像者”。與襲來的魔物們戰鬥著。
在謎樣世界，找到神奇道具（意念碎片）的日菜子。當碰到此道具，早苗的真實想法，竟流傳到日菜子處。
在找到早苗的意念碎片後，日菜子返回現實世界。從意念碎片了解到早苗的真實想法，並認同她的想法，因此早苗也不再暴走，解決了她內心的煩惱。
拜別早苗的日菜子，在初次到訪的教室，被任命為在校園舉辦文化祭的執行委員。推薦日菜子當上執行委員的竟然就是當早苗暴走時，是在初次到訪的世界聽到的熟悉少女聲音主人－司城夕月、司城来夢。
其後，接受夕月及來夢的邀請，日菜子與她們一起在頂樓上詢問有關魔法少女．反像者的事情以及有關謎樣世界的事情，但是……。
偶然同班的真田凜也在那裏，結果，關於反像者及謎樣世界的事情，沒辦法更進一步詢問詳細情報。結果日菜子受著來夢們的引導，反而前去聽取凜的煩惱。
聽取她戀愛煩惱後，凜的樣子越來越奇怪，像是早苗時的情況，凜的情感也開始暴走。雖然是很緊張的日菜子，但是還是遵照夕月與來夢的指示，將戒指給凜戴上。
戴上戒指後，日菜子又再次踏足謎樣世界。日菜子從夕月與來夢，得知這是聚集人們無意識的世界“可夢”（通稱“異世界”）。
當談到異世界時，突然出現的魔物襲擊3人。也因此，日菜子也得知夕月與來夢就是反像者一事。
連同日菜子也變身為反像者，集結３人力量，擊倒魔物。其後，日菜子得知反像者需要借助人們情感的碎片“意念碎片”之力戰鬥的魔法少女，從魔物處守護意念碎片是魔法少女的天職，要收集意念碎片，需要打倒“原種”的原委。
在異世界找出凜意念碎片的日菜子，理解凜的真實心意，被夕月及來夢催促著要盡快將意念碎片“固定化”，共享力量。
將凜的意念碎片固定化後返回現實世界，凜依然在煩惱著。不過因為透過意念碎片，已經理解真實心意，對她的煩惱有了同感的日菜子，將想法傳達給凜，成功解決凜的煩惱。
對於已解決煩惱的凜，來夢將暫且稱之為「護身符」的戒指獻上。帶上戒指後，能與反像者取得聯繫，而反像者也能因此獲得力量。
聽聞若是沒有像早苗與凜的時候，收集到意念碎片，獲得力量，就無法打倒原種，造成世界毀滅的日菜子，從夕月及來夢處，收到為了守護世界，希望一起戰鬥的邀請。
對於為何自己會被選為反像者感到迷惘的日菜子，來夢告知，只要打倒所有的原種，那麼就會替自己實現一個必定會實現的願望。
聽到「能實現願望」開始思考的日菜子。對於無法忘懷芭蕾的日菜子，其心願果然就是……？
翌日，在滿腦子都還是反像者、原種、異世界的日菜子面前，其他班級的文化祭執行委員的森川更紗出現了。
應該是要談文化祭的事情才對，但是知道日菜子不跳芭蕾後，便轉移話題的更紗。
其後再次變更討論場所，將不跳芭蕾的理由告知更紗的日菜子，更紗只是知道以往日菜子的芭蕾高強實力，無法原諒放棄跳芭蕾的日菜子……。
得知日菜子放棄芭蕾經過的更紗樣子更為奇怪，注意到這點的日菜子們，為了救助更紗，動身前往異世界。
探索異世界，找出更紗意念碎片的日菜子，得知更紗的真實心意。
返回現實世界，欲將想法傳達給更紗時，世界卻發生異變。
突然現身的強大敵人．原種。借助早苗、凜、更紗的力量，日菜子們勇挑原種。
聽到走廊傳出美妙的鋼琴演奏音色，日菜子在此遇到了人稱天才鋼琴家的多谷史緒。
在音樂教室前聽到美妙鋼琴演奏音色的日菜子，遇見快要舉辦發表會，正在練習鋼琴的史緒。日菜子說出自己覺得是很棒的演奏，可是史緒卻說，她彈不出想要的音色，可能發表會會演出失敗，而感到不安。
在意著史緒的事情，日菜子向情報通一之瀨亞子詢問史緒的事情。看來史緒現在狀況不太好，所以對於是否能順利演奏這件事，感到十分不安。
日菜子煩惱著自己是否能對史緒提出好的建議，正好史緒出現在日菜子面前，但是卻是不同之前沮喪的樣子，看來十分開朗的史緒。
說自己使用不同的鋼琴，就彈出自己想要的音色，非常開心的史緒。
歸咎不能彈出想要的音色，並不是因為自己，而是因為鋼琴的緣故。自己沒有任何問題。一直這麼說著的史緒，樣子變得越來越奇怪，終於情感開始暴走。已經能順利彈出想要音色的史緒，究竟還隱藏著什麼問題呢……？
真實傳達的結果
對被選為文化祭執行委員這件事，還感到猶豫的日菜子，一之瀨亞子出現在面前。她好像隱藏著什麼秘密……。
要好好舉辦好文化祭……出現在煩惱的日菜子面前的是超級開朗的一之瀨亞子。她說正在調查學校的事件，到底她在意的事情是……？
一起調查在意的事情，但是卻無法順利獲得想要的結果，感到生氣的亞子。當天決定暫且先回家冷靜一下。
之後，在意著無故缺席的亞子，日菜子依然參加初次的文化祭會議。大家雖然談著要賣什麼，卻無法做出正式決定，前途多災多難。
會議結束後，日菜子聽到有關亞子精神不安定的傳聞。到底亞子發生了什麼事情……？
接力棒與戒指與
中學時代，同樣隸屬於田徑部的三井香織及芳村梨佳。
步調想放慢的香織與想要香織趕快開始田徑的梨佳，兩人的關係因為某個事件為契機，慢慢地產生變化。
知道中學時代香織實力的梨佳，不斷地建議她參加田徑，但是香織並不太理梨佳。
即使道出成為兩人開始田徑的契機，厲害前輩的活躍成績，香織認為只要前輩好好表現就好，並沒有想要參加田徑的意思……。
翌日，日菜子在意著沒有精神的梨佳，因為夕月及來夢的建議，決定與梨佳商量。
還正在煩惱著香織的事情，但是因為田徑部發生的事件，造成練習完全無效果，自願調查事件的日菜子們，發現犯人居然是……。
她的泳姿
故事中，存在著以特別服裝展開遊戲的場景。
本作的舞台正值盛夏，因此談到令人期待的夏季學校活動就是……？
故事中，存在著以特別服裝展開遊戲的場景。
本作的舞台正值盛夏，因此談到令人期待的夏季學校活動就是……？
為了沒有精神的日菜子，熱心的圭要求用運動一決勝負。項目決定是對日菜子的腳負擔較少的游泳！
圭說如果身體狀態不太好，也可以不參加，日菜子則很專注於勝負前的熱身運動，究竟勝負結果會是……？
比賽後，一邊淋浴，一邊說著靠運動交流是最好的方式，日菜子對於圭的說法，非常認同。
療癒疲累的身體同時，透過坦誠相見的方式，與大家的感情也越來越好!?
主線任務之外也存在著……？
本作除主線故事之外，也準備複數個各人物間的詳細小故事。這些小故事將於放學後的自由時間等時機展開。
※刊登的示意圖為PlayStation®4開發中版本。